Si les combats des Polonais dans les airs et sur terre sont connus, en revanche les actions de leurs camarades de la flotte le sont beaucoup moins. Ils ont pourtant participé à un très grand nombre d’opérations, forçant l’admiration des Alliés.

Le 28 août 1939, tous les navires militaires (un peu moins d'une trentaine) ou civils (40 bâtiments) battant pavillon polonais reçoivent l’ordre de rester hors des eaux territoriales polonaises ce qui explique que seulement 10% de la flotte fut détruite lors des affrontements de début septembre 1939. Les défenses côtières eurent pour mission de résister le mieux et le plus longtemps possible sans l’aide des navires en mer.

Venu pour une "visite de courtoisie", le 1° septembre 1939, le Cuirasier Sleswig-Holstein bombarde le presque ile de Westerplatte près de Gdansk.
Les premiers jours de septembre 1939, la petite et dévouée Marine polonaise opposa, contre toute attente, une forte résistance à l’invasion par de nombreux actes d’héroïsme. Le Mazur se rendit seulement lorsque les canonniers du navire qui coulait eurent de l’eau jusqu’à la taille et ne furent plus en mesure de tirer. Tandis que le Burza, le Grom et le Blyskawica purent s’échapper pour rallier Leith en Ecosse, le reste de la flotte se battit remportant quelques succès bien que limités. Le Gryf et le Wicher firent feu et mirent hors d’état le vaisseau amiral Leberecht Maas le 3 Septembre avant qu’un bombardement massif allemand ne les coule. La flotte sous-marine se sauva et trouva soit refuge en Suède ou dans le cas du Wilk rallia la Grande-Bretagne tandis que l’Orzel sous le commandement du Capitaine Jan Grudzinski se sauva héroïquement de Tallin en Estonie vers la base navale de Rosyth en Ecosse sans carte marine, sans munitions ou canons, terre d’accueil de la flotte sous-marine britannique.
Lors de différents combats, le dragueur de mines allemand M-85 fut coulé par les mines déposées par le Zbik alors que les destroyers Burza et Blyskawicka eurent attaqués et vraisemblablement détruit un sous-marin avant de quitter la Baltique.
Le 18 Septembre 1939 la Marine polonaise militaire et marchande fut rattachée à la Royal Navy sous commandement de l’Amirauté britannique mais naviguera sous pavillon polonais.
De nouveaux bâtiments lui furent confiés sous la forme d’un contrat de location. La Marine polonaise compte désormais 6 destroyers (Garland, Piorun, Krakowiak, Kujawiak, Slazak, Orkan ) 3 sous-marins ( Sokol, Jastrab et Dzik), 6 torpilleurs et 2 croiseurs (Dragon et Conrad). Leur théâtre opérationnel allait de la protection de convois dans l’Atlantique et la Méditerranée, mission en Mer du Nord ou missions spéciales pour des opérations bien précises ; par exemple : la Blyskawica assura la protection des troupes lors de l’évacuation de Dunkerque.
La Blyskawica et le Grom participèrent à la campagne de Norvège à Narvik engageant les batteries de défense côtières allemandes. Lors de cette opération le Grom fut coulé dans le fjord de Rombaken. Dans la nuit du 20 Juin 1940 le Wilk décela un sous-marin et le pulvérisa. Dans un engagement digne d’un « David et Goliath » le destroyer Piorun trouva et engagea le combat contre le cuirassé Bismarck gagnant le respect pour sa vaillance.
Cliquez sur l’image ci-dessus pour visionner l’histoire de la Blyskawica. Aujourd’hui le bateau est un musée à Gdynia.
La Marine polonaise eut, en 1944, un rôle de soutien significatif dans le raid sur Dieppe, l’invasion de la Sicile ou lors du Jour-J en Normandie.